O HDJF está localizado na porção Meridional da Serra do Espinhaço, a qual é responsável pela divisão de dois hotspots mundiais, o da Mata Atlântica e do Cerrado. Fitogeograficamente a região está inserida em um complexo mosaico de florestas estacionais e savana, com diversas fitofisonomias relativamente bem preservadas.
Pesquisas apontam que aproximadamente 2/3 das espécies vegetais consideradas ameaçadas de extinção em Minas Gerais estão nesta região, além da ocorrência de um elevado número de espécies endêmicas. Sendo considerada área prioritária para conservação e, ou investigação científica.
Desde o século XVII, a Serra do Espinhaço, foi intensamente descrita, reescrita e interpretada por viajantes e, ou naturalistas que vieram ao Brasil atraídos, principalmente, pelas jazidas minerais. Apesar do foco em minerais preciosos esses viajantes e, ou naturalistas descreveram em seus cadernos de campo (que posteriormente vieram a se tornar livros) aspectos de cunho biológico, antropológico, mineralógico, sociológico, geográfico e geológico do Brasil oitocentista. Dentre os diversos viajantes que passaram pela região merecem destaque: G. W. Freireys (1814-1815), Auguste de Saint-Hilaire (1817-1822), K. Martius e J. Spix (1818), Johann E. Pohl (1818-1821), Barão de Langsdorff (1825), Alcide D’ Orbigny (1833- 1834), Charles J. F. Bunbury (1834-1835), George Gardner (1840) e Johann Jakob Von Tschudi (1858) por terem maior foco em estudos sobre a flora e efetuado intensa coleta na região.

Figura 1. Fotografias das diferentes fitofisionomias presentes no Espinhaço Meridional. Onde: (A) Floresta Estacional Semidecidual; (B) Cerrado stricto sensu; (C) Campo Rupestre Quartzítico; (D) Campo Rupestre Ferruginoso; (E) Campo Limpo Seco; (F) Campo Limpo Úmido; (G) Campo Sujo; (H) Veredas.
No acervo HDJF tem destaque para a flora regional, com exemplares dos biomas Mata Atlântica e Cerrado, contudo há também representação de outros biomas como Amazônia e Caatinga, oriundas do programa de permuta de duplicatas e intercâmbio com outras coleções (herbários e jardins botânicos), assim como por meio de doações de coletores.
Hoje o acervo conta com aproximadamente 13.400 amostras (http://splink.cria.org.br/manager/detail?setlang=pt&resource=HDJF), e está dividido em em quatro partes:
Coleção botânica (material herborizado)
Coleção de madeira (xiloteca)
Coleção de frutos e sementes (carpoteca)
Coleção de grãos de pólen (palinoteca)
Coleção de plantas vivas (arboreto)
O HDJF possui os seguintes registros:
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Rede Brasileira de Herbários (RBH), ligada à Sociedade Botânica do Brasil (SBB)
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Index Herbariorum
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Centro de Referência em Informação Ambiental (CRIA/INCT – Herbário Virtual da Flora e dos Fungos)
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ao Global Biodiversity Information Facility (GBIF)
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Sistema de Informação sobre Biodiversidade Brasileira (SiBBr).